Пятница, 20.10.2017, 06:02Главная | Регистрация | Вход

Поиск по сайту

Статистика сайта

Полезные ссылки

Программа BioComparison - Форум
[ Новые сообщения · Участники · Правила форума · Поиск · RSS ]
Страница 1 из 11
Форум » Методика сравнительного анализа » Сравнительный анализ » Программа BioComparison (о программе сравнительного анализа биологических объектов)
Программа BioComparison
Дориан_ГрейДата: Четверг, 19.08.2010, 20:39 | Сообщение # 1
Генералиссимус
Группа: Администраторы
Сообщений: 38
Репутация: 0
Статус: Оффлайн
Завершена работа над основной частью программы BioComparison 1.0. Два первых модуля завершены и программа зарегистирирована (Свидетельство об регистрации электронного ресурса в ОФЭРНиО № 16143 от 31.08.2010.).

1 модуль ("Матрицы"): Программа рассчитывает матрицы пересечений, матрицы включения, матрицы сходства и матрицы различия. Учитывает тау-индекс и эта-индекс.
2 модуль (Несимметричные графы): Позволяет (на основе задаваемого порога включения) рассчитать таблицу индексов преобладания и построить граф включения.
 
Дориан_ГрейДата: Пятница, 29.04.2011, 16:00 | Сообщение # 2
Генералиссимус
Группа: Администраторы
Сообщений: 38
Репутация: 0
Статус: Оффлайн
Изменена структура 1 модуля. Теперь он состоит из трёх вкладок: для расчёта бинарных, n-арных и унарных мер.

Продолжается разработка 3 модуля ("Оптимальные графы"). Есть возможность рассчитывать матрицу транзитивного замыкания (отдельными итерациями).

 
Дориан_ГрейДата: Суббота, 07.05.2011, 13:11 | Сообщение # 3
Генералиссимус
Группа: Администраторы
Сообщений: 38
Репутация: 0
Статус: Оффлайн
Завершено наполнение вкладки "Многоместные" для расчёта n-арных мер. Предусмотрен расчёт:
1. S (общее число признаков), T (сумма числа признаков каждого из объектов), n (число объектов);
2. индексы:
- K(n-1)=T-S/(n-1)S (индекс Коха);
- К(0)=n(T-S)/(n-1)T (мера Сёмкина);
- F(0)=1-K(0) (нормированная мера Уиттекера).

Предусмотрена возможность вывода на лист Excel результатов расчёта.

 
Дориан_ГрейДата: Пятница, 13.05.2011, 12:46 | Сообщение # 4
Генералиссимус
Группа: Администраторы
Сообщений: 38
Репутация: 0
Статус: Оффлайн
Завершено наполнение вкладки "Унарные". Позволяет рассчитывать матрицу долей из матрицы значений. В случае расчёта на основе матрицы долей надо заново выделить рассчитанный диапазон с долями. Расчёт мер происходит по строкам. Выбранная мера выводится отдельным правым столбцом после долей (в случае выбора следующей меры происходит замена предыдущих значений).
Возможен расчёт мер параметрических семейств (в текстовом поле задается альфа-индекс):
- меры семейства Реньи;
- меры семейства Хилла;
- меры семейства Колмогорова.

а также расчёт отдельных мер:
- абсолютная мера разнообразия R(p);
- относительная мера разнообразия R(p);
- индекс концентрации Бергера-Паркера;
- коэффициент вариации;
- нормированный коэффициент вариации;
- мера диссонанса Розенберга.

 
Дориан_ГрейДата: Пятница, 13.05.2011, 13:11 | Сообщение # 5
Генералиссимус
Группа: Администраторы
Сообщений: 38
Репутация: 0
Статус: Оффлайн
Представлена BioComparison (версия 1.1).
 
Дориан_ГрейДата: Среда, 16.05.2012, 14:07 | Сообщение # 6
Генералиссимус
Группа: Администраторы
Сообщений: 38
Репутация: 0
Статус: Оффлайн
Состоялся (29 мая 2012 г.) релиз программы BioComparison 1.2. Представлена BioComparison (версия 1.2). Программа и инструкция к ней здесь.

Новое:
3 модуль (Оптимальные графы): Позволяет (на основе матрицы сходства) рассчитать матрицу транзитивного замыкания по методу Тамуры; основе матрицы сходства или матрицы различия (на выбор) построить оптимальный граф (путь или цикл) по методу кратчайшего пути. Также возможен вывод на лист матрицы смежности для этого графа.

Планы по изменению модуля:
1. Добавить расчёт и визуализацию дендрита (методика вроцлавской школы);

2. Изменить расположение вершин оптимального графа с хаотичного на упорядоченный: планируется располагать вершины по кругу (такое расположение распространено в литературе, например у П.В.Терентьева и В.М.Шмидта, и хорошо себя зарекомендовало). Те же изменения коснутся 2-го модуля с орграфом. (сделано)

3. Возможно изменится представление матрицы транзитивного замыкания. Сейчас оно выводится отдельными итерациями. Я планирую разделить представление на 2 способа: уже реализованный подробный пошаговый (step by step) способ и моментальный способ с выводом только последней матрицы, которая будет идемпотентной первичной матрице, а также число итераций, которое потребовалось для это цели.
 
Дориан_ГрейДата: Пятница, 25.05.2012, 18:40 | Сообщение # 7
Генералиссимус
Группа: Администраторы
Сообщений: 38
Репутация: 0
Статус: Оффлайн
Параллельно реализуется алгоритм создания дендрограммы (4 модуль).

В настоящее время появилась возможность выделения максимального элемента матрицы сходства и создания вторичной таблицы с указанием номеров объектов, которые будут объединены в кластер и значения максимума. В ближайшем будущем планируется реализовать:
1. возможность задавать в качестве источника данных на выбор - матрицу различия или матрицу сходства;
2. наиболее сложная задача - визуализация дендрограммы:
- с возможностью задания пользователем масштаба дендрограммы на листе;
- с возможностью выбора способа построения дендрограммы: метод среднего степенного связывания (простый и взвешенный), центроидный метод (простой и взвешенный);
- возможность выводить уровень близости.

После завершения этих этапов ждите релиз программы BioComparison 1.3. Ожидаемая дата релиза - 1 сентября 2012 г. (откладывается на неопределённое время)
 
Форум » Методика сравнительного анализа » Сравнительный анализ » Программа BioComparison (о программе сравнительного анализа биологических объектов)
Страница 1 из 11
Поиск:

Copyright MyCorp © 2017 | Сайт создан в системе uCoz